沿國道一號南下 → 下永康交流道右轉 → 沿中正北路、中正南路(南向)往台南市區直行 → 中華路左轉 → 沿中華東路前進 → 於小東路口右轉，直走即可抵達成杏校區(東側)。

[自國道三號南下者，轉國道8號（西向），可接國道一號（南向）]

沿國道一號北上 → 下仁德交流道左轉 → 沿東門路(西向)往台南市區直走 → 遇長榮路右轉(北向)，直走即可抵達成杏校區(東側)。

[自國道三號北上者，轉86號快速道路（西向），可接國道一號（北向）]

於台南站下車後，自後站出口沿大學路直走，遇勝利路左轉直走即可抵達成杏校區(西側)。

本中心地下一樓規劃有行政辦公室、主任室、訪問學者辦公室與電腦教室。主要提供中心學者與工作人員辦公空間、第一線接待訪客與中心使用者；電腦教室則供中心舉辦小型課程(例：資料分析講習)。

本中心地下二樓規劃有行為研究實驗室數間、討論室與磁振造影模擬體驗室(Mock-MRI Room)。行為研究室可配合功能性磁振造影實驗進行相關行為實驗，討論室供中心內部會議使用。磁振造影模擬體驗室設置有一比例相當之模擬木造磁振造影儀，提供實驗受試者在進行磁振造影之前先行實驗模擬，使受試者熟悉實驗流程與掃描實況，亦可避免空間幽閉恐懼造成受試者生理、心理傷害。

本中心地下三樓為主要進行磁振造影掃描之區域，包含磁振造影室、操作區、資料備份室、儀器存放室與電腦機房等。使用者在中心操作員的協助下，於此區域進行磁振造影或功能性磁振造影研究。